A bizánci rítusú katolikusok jelenlétét a középkor végétől számíthatjuk Budapesten. Érthető módon nem rendelkezünk hiteles adatokkal a kezdeti korszakot illetőn főként az akkori kezdetleges szerveződési formák, valamint a források pusztulása miatt. A görögkatolikusok által sűrűn lakott peremterületekről egyre többen költöztek a fővárosba a jobb megélhetés reményében a XIX. század második felétől. A fennmaradt források sokrétűen számolnak be a fővárosi görögkatolikus élet századvégi fellendülésről. Az egyik ilyen fontos dokumentum az egyházközség 1895. január 6-án felállított első képviselőtestületi gyűlését őrizte meg, amely megalkotta a leendő egyházközség működési szabályzatát.
Mivel közösségünk “hontalan” volt, nem rendelkezett saját templommal, így a szertartásokat az úgynevezett egyetemi templomban végezték. Bő három év múlva, 1898. június 30-án a Fővárosi Tanács a többi plébániához hasonlóan pártfogásába vette a fiatal egyházközséget, ezzel vállalva annak anyagi támogatását is. Ekkor kérvényezték a korábbi Szegényház téri (napjainkban Rózsák tere) 1875 és 1880 között Czigler Győző tervei alapján készült római katolikus templom használatba vételét. A kérvény elfogadtatását segítette, hogy a római katolikusoknak ekkor már kicsinek bizonyult ez a templom, és Steindl Imre tervei alapján megkezdődtek a Szent Erzsébet plébániatemplom építési munkálatai. A Belügyminisztérium által 1904. augusztus 17-én jóváhagyott kérelem, valamint a Vaszary Kolos Ferenc esztergomi bíboros-hercegprímás 1905. január 8-án kelt rendeletével hivatalosan is megalakult a Budapesti Görögkatolikus Parókia.
Miután a parókia építése 1929-ben befejeződött, megkezdődtek a templom belső terének bizánci rendet követő átalakításának munkálatai. A templombelső festésére 1932-ben Petrasovszky Emmánuelt és barátját, Takács István festőművészt kérték fel. A szentély üvegablakai 1881-ben készültek még a templom római katolikus fenntartóságának idejében.
Az oltárképet, az ikonosztázion két alapképét, valamint az utolsó vacsora ábrázolását Roskovics Ignác készítette. A szentély két oldalát díszítő festmények Kontuly Béla, a királyi ajtó ábrázolásai pedig Lohr Ferenc kézjegyeit hordozzák magukon.
A II. világháborúban a templom kisebb sérüléseket szenvedett, amelyeket fokozatosan kijavítottak, kivéve a Magyarok Nagyasszonya kép mögött található részt, amely egy fel nem robbant bomba emlékét őrzi. A későbbi évtizedek során a templom két nagyobb renováláson esett át.
A Hajdúdorogi Főegyházmegye 1972-ben alapította meg a Kőbányai Szervezőlelkészséget, amit 2021-ig parókiánk látta el. Kocsis Fülöp metropolita a Conti kápolnába járó hívek kérését meghallgatva2021. december 1-jei hatállyal újjáalapította a Budapest-Kőbányai Görögkatolikus Szervezőlelkészséget, amely önálló szervezőlelkészt kapott.
A Conti-kápona, a X. kerület egyik legrégibb műemléke 1739 és 1740 között épült. A kistemplom fogadalmi kápolnaként épült a Conti család felajánlásaként az akkor dúló kolerajárványból való menekülés emlékére. A napjainkra műemlékké nyilvánított barokk stílusban épült imaház a Conti család egykori szőlőbirtokán kapott helyet. Belső berendezése – közülük kiemelve a csavart oszlopos, egyetlen kőből kifaragott oltárt – mind az itáliai származású tulajdonos, Conti Lipót kézjegyét hordozzák magukon. Bár II. József (1780-1790) egyetlen rendeletével az összes fogadalmi kápolnát bezárásra és lebontásra ítélte, a Conti kápolna a család kapcsolatai révén mégis megmenekült az enyészettől.
1802-től a kápolna a környék római katolikus híveit szolgálta ki, majd 1947-től a görögkatolikus hívek szolgálatába lett állítva. A Hajdúdorogi Főegyházmegye 1972-ben alapította meg a Kőbányai Szervezőlelkészséget, amely jelenleg a parókiánkhoz tartozik.